De kerk is gebouwd tussen 1238 en 1250 als de kapel van een Cisterciënzer klooster dat gesticht is door Machteld van Brabant, vrouw van graaf Floris IV. Het klooster is gesticht omstreeks 1230.
De Abdijkerk is de 3e Kloostervestiging van de Graven van Holland (De 1e is Egmond aan Zee in 922 en de 2e is Rijnsburg in 1120).
Het is daarmee het oudste gebouw van Den Haag (dus ouder dan de Ridderzaal).
De kerk is gebouwd in een overgangsstijl, tussen de Romaanse en Gotische bouwstijl, die sterk doet denken aan de zogenaamde Vlaamse Schelde-Gotiek. Dat heeft te maken met het feit dat het klooster onder voogdij van Vlaamse abdijen stond.
De muur die het oudste, oostelijke deel van de kerk afsluit (waartegen de preekstoel staat) is niet origineel. De kerk is oorspronkelijk langer geweest en waarschijnlijk afgesloten met een halfrond koor.
In de 80-jarige oorlog (1568 -1648) is het klooster grotendeels verwoest en het koor van de oude Kloosterkerk is nooit meer opgebouwd.
Op 7 juni 1580 is de (zwaar gehavende) kerk door de Staten van Holland toegewezen aan de hervormde gemeente.
Wel is aan het begin van de vorige eeuw (1908) op die plaats een tweetal zijbeuken aangebouwd om meer plaats te maken. Deze aanbouw is tijdens de laatste grote restauratie van 1969-1975 weer afgebroken.
Ook is toen de naam Dorpskerk veranderd is Abdijkerk.
