De Bethelkerk is ontworpen door architect W. CH. Kuijper jr. en diende als tweede kerk, naast de Abdijkerk, voor de Hervormde Gemeente Loosduinen. Hiervoor werd er eerst gekerkt in een zaal van restaurant Lommerijk aan de Oude Haagweg en later werd de Dalton-HBS gebruikt. Op 12 maart 1938 werd door ds. G. Venema de eerste steen gelegd voor de bouw van de Belthelkerk.
Dinsdag 20 december 1938 werd de kerk in gebruik genomen. In mei 1938 werd een Orgelfonds opgericht voor de financiering van een orgel voor de kerk. Dit orgel is gebouwd door de Zaandamse orgelbouwer Flentrop. Bij het in gebruik nemen van de kerk konden het hoofdklavier en het pedaal van het orgel reeds worden bespeeld. Organisten vonden het jammer dat de architect weinig aandacht had besteed aan de akoestiek, waardoor het geluid in de kerk slecht klinkt.
In de jaren zestig werd een gemeentecentrum aan de kerk gebouwd.
De eerste predikant was ds. F.K. Van Evert die op 22 augustus 1942 werd gearresteerd wegens steun aan de Joden. Hij stierf op 31 januari 1943 in het concentratiekamp in Vugt. De in de kerk aangebrachte plaquette ter nagedachtenis aan ds. Van Evert bevindt zich thans in de Abdijkerk.
Inmiddels is de kerk, per 16 juni 2013, buiten gebruik gesteld, en zou na sloop plaats moeten maken voor een flatgebouw. Door een door de omwonenden in leven geroepen actiecomité wordt naar een andere bestemming voor de kerk gezocht.