Het ontstaan van Wateringen is bepaald door waterstaatkundige invloeden en het opnieuw ontginnen van het gebied na de overstromingen in de 12de eeuw. Het ambacht Wateringen bestond uit een aantal polders zoals de Oud- en Nieuw Wateringveldt polder en de Oude- en Nieuwe Broekpolder. De oude polders zijn het eerst aangelegd en dit is dan een aanwijzing uit welke richting het gebied is ontgonnen.
De kern van Wateringen is ontstaan in de 13de eeuw toen het land door bedijkingen bewoonbaar was gemaakt. Het dorp is genoemd naar het water de Watering dat vroeger dwars door het dorp stroomde en waarlangs aan beide zijden de bebouwing plaats vond.
In deze tijd vestigde zich hier een adellijk geslacht, dat zich naar de nieuwe woonplaats Van de Wateringhe noemde. Zij bouwden een slot, daar waar zich thans de Hofboerderij bevindt.
In diezelfde tijd ook werd er vanuit de kerk van Naaldwijk met financiĆ«le hulp van de Van de Wateringhe’s een kapel gesticht, wat in later tijden leidde tot de stichting van een eigen parochie. De Van de Wateringhe’s hadden ook het patronaatsrecht van de kerk.
Een einde aan de burcht kwam, toen het slot door vererving in het bezit van de van Naaldwijks kwam en in 1485 verbouwd werd tot klooster. Het oorspronkelijke grachtenpatroon is nog steeds rond de huidige hofboerderij te herkennen. Het klooster werd in het begin van de 80-jarige oorlog verwoest. Later werd op het terrein een buitenplaats aangelegd.