Na de reformatie dienden de Wateringse katholieken voor de heilige mis naar schuilkerken te gaan, ondergebracht bij boeren, ver buiten het dorp. Daar kwam verandering in met de aanstelling van Cornelis Verburgh als pastoor van Wateringen, in 1662. Hij was een neef van de bekende pastoor Verburgh uit Poeldijk. Samen met zijn zuster Krijntje Verburgh maakte hij zich sterk voor de bouw van een kerk.
Reeds na drie jaar, in 1665 was de kerk, een zogenaamde schuurkerk, al gerealiseerd. Deze kerk was gelegen in de tuin achter de huidige kerk; het was bij de boerderij van Roelant Pietersz. van der Marel, die eerder ruimte bood voor een schuilkerk in zijn boerderij. Halverwege de 18e eeuw werd de kerk vergroot en kreeg het een lengte van 20 meter. In de Franse tijd kwam er een einde aan de achterstelling van de katholieke kerk. Men trachtte de oude kerk aan het Plein weer terug te krijgen, maar door dralen van de hervormde besloot men op de plek van de schuurkerk een nieuwe kerk te bouwen, die in 1807 in gebruik werd genomen.